Die KUPF ist als Verein organisiert
Das wichtigste Gremium ist die mindestens jährlich stattfindende Generalversammlung aller Mitgliedsinitiativen. Bei dieser werden neuen Mitglieder aufgenommen und der Vorstand gewählt.Dem Vorstand wird von der Generalversammlung der Arbeitsauftrag für ein Jahr erteilt.
Der Vorstand trifft alle politischen und strategischen Entscheidungen während des Arbeitsjahres. Er besteht aus VertreterInnen der Mitgliedsinitiativen und ExpertInnen aus speziellen politischen und gesellschaftlichen Bereichen. Die Mitgliedsvereine sind eingeladen an allen Sitzungen und Klausuren des Vorstands teilzunehmen.
Die vom Vorstand eingesetzte Geschäftsführung kümmert sich um organisatorische Abläufe, das Mitgliederservice und bereitet Entscheidungsgrundlagen auf.